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/ Sky at Night 2011 January / SAN CD 1-2011 CD-ROM 68.iso / pc / issueMedia / Software / AviStack2 / IDL70 / help / widget / slicer.txt < prev    next >
Encoding:
Text File  |  2007-11-08  |  9.3 KB  |  257 lines
  1.                 IDL Slicer
  2.  
  3. The IDL Slicer displays slices and isosurfaces created from
  4. three-dimensional volume cubes.
  5.  
  6.                 Using the IDL Slicer
  7.  
  8. Before calling the Slicer, you must define the common block
  9. VOLUME_DATA to include a variable that contains your 3D image
  10. dataset. The Slicer reads this common block to find the data
  11. to display.
  12.  
  13.  
  14. CONTROL BUTTONS
  15.  
  16. The top of the Slicer's control panel has the following buttons:
  17.  
  18. - Done
  19.   Exits the Slicer.
  20.  
  21. - Erase
  22.   Removes all slices and draws an empty frame.
  23.  
  24. - Undo
  25.   Removes the most recently object by swapping the current view
  26.   with the previous view.
  27.  
  28. - Help
  29.   Displays this help file.
  30.  
  31. - Orientation
  32.   Selects the orientation of the volume data with respect to the
  33.   display axes. This button displays a sub-menu containing the
  34.   following options:
  35.  
  36.   - XY Exchange   Exchanges X and Y Axes
  37.   - XZ Exchange   Exchanges X and Z Axes
  38.   - YZ Exchange   Exchanges Y and Z Axes
  39.   - X  Reverse    Reverses the X Axis
  40.   - Y  Reverse    Reverses the Y Axis
  41.   - Z  Reverse    Reverses the Z Axis
  42.   - Reset         Reverts to the default orientation
  43.  
  44. - Interpolation
  45.   Turning Interpolation On selections bilinear interpolation sampling,
  46.   turning it Off selects nearest neighbor sampling. Bilinear interpolation
  47.   is slower but yields more pleasing results.
  48.  
  49.  
  50. MODES
  51.  
  52. The Slicer has the following modes:
  53.  
  54. - Slices
  55.   Displays or removes orthogonal or oblique slices through the
  56.   data volume.
  57.  
  58. - Block
  59.   Displaces the surfaces of a selected block inside the volume. 
  60.  
  61. - Cutout
  62.   Cuts blocks from previously drawn objects.
  63.  
  64. - Isosurface
  65.   Draws an isosurface contour.
  66.  
  67. - Probe
  68.   Displays the position and value of objects using the mouse.
  69.  
  70. - Colors
  71.   Manipulates the color tables and contrast.
  72.  
  73. - Rotations
  74.   Sets the orientation of the display.
  75.  
  76. - Journal
  77.   Records and plays back sessions.
  78.  
  79. Select a mode by clicking on the appropriate button in the group
  80. of exclusive buttons near the top of the Slicer control panel.
  81.  
  82.  
  83. OPERATION OF EACH MODE
  84.  
  85. The look of the Slicer control panel and the operation of the mouse
  86. buttons changes depending on the mode selected.
  87.  
  88. - Slices Mode
  89.   This Slicer control panel displays a representation of the data
  90.   cube, showing the orientation and position of the selected slice.
  91.   A row of buttons below this representation allow you to choose
  92.   between "Draw" and "Expose" modes, and between Orthogonal and
  93.   Oblique slices.
  94.  
  95.   - Draw mode displays the selected slice on the data cube, whether
  96.     or not any slices or surfaces are already displayed.
  97.   - Expose mode cuts the selected slice from a previously displayed
  98.     surface.
  99.   - Orthogonal slices are parallel to the faces of the data cube.
  100.   - Oblique slices are not parallel to the faces of the data cube.
  101.  
  102.   Orthogonal slices are positioned within the data cube using the
  103.   mouse:
  104.  
  105.   - Press and hold the left mouse button and drag the mouse cursor
  106.     perpendicular to the current slice orientation to position the
  107.     new slice. Releasing the mouse button draws the slice.
  108.   
  109.   - Click the middle mouse button within the data cube to display
  110.     the 3D location and data value of the selected point. This
  111.     information is displayed at the bottom of the Slicer control panel.
  112.  
  113.   - Click the right mouse button within the data cube to change the
  114.     orientation of the slice plane.
  115.  
  116.   Oblique slices are defined by selecting a point inside the data cube,
  117.   the angle between the X axis and the slice plane (the azimuth), and
  118.   the angle between the Z axis and the slice plane (the elevation).
  119.   When Oblique slices are selected, buttons allowing you to select
  120.   azimuth or elevation are displayed in the window with the data cube.
  121.  
  122.   - To select the point, press and hold the left mouse button and drag
  123.     the mouse cursor along the three visible faces of the data cube.
  124.  
  125.   - To select the azimuth, click on the "Azimuth" button at the top
  126.     of the window containing the data cube, then manipulate the angle
  127.     by pressing and holding the right mouse button while moving the
  128.     mouse cursor from left to right.
  129.  
  130.   - To select the elevation, click on the "Elevation" button at the top
  131.     of the window containing the data cube, then manipulate the angle
  132.     by pressing and holding the right mouse button while moving the
  133.     mouse cursor from left to right.
  134.  
  135.   Create the slice by setting the parameters and pressing the "Go"
  136.   button at the top of the window containing the data cube. The values
  137.   of the data parameters are displayed at the bottom of the Slicer
  138.   control panel.
  139.  
  140.  
  141. - Block Mode
  142.   This Slicer control panel displays a representation of the block
  143.   that will be selected, along with several buttons controlling action
  144.   in this mode:
  145.  
  146.   - GO button
  147.     Draws the selected block.
  148.   - Cancel button
  149.     Removes the currently-defined block from the data cube.
  150.   - Cut Into button
  151.     Has no effect in this mode.
  152.   - Cut Over button
  153.     Has no effect in this mode.
  154.  
  155.   The representation of the block shows corners marked "0" and "1".
  156.   Create the block to be drawn using the mouse:
  157.  
  158.   - Press and hold the left mouse button to position corner 0. Note
  159.     that movement is constrained to the plane indicated by the colored
  160.     grid in the center of the block. Lines are drawn from the selected
  161.     corner to the three closest visible faces of the data cube.
  162.  
  163.   - Press and hold the middle mouse button to position corner 1. Note
  164.     that movement is constrained to the plane indicated by the colored
  165.     grid in the center of the block. Lines are drawn from the selected
  166.     corner to the three closest visible faces of the data cube.
  167.  
  168.   - Click the right mouse button within the data cube to change the
  169.     orientation of the plane.
  170.  
  171.  
  172. - Cutout Mode
  173.   This Slicer control panel is identical to Block Mode, and blocks are
  174.   selected in the same manner. In Cutout mode, selecting the "Cut Into"
  175.   button means that only cuts in to a previously drawn object (an
  176.   isosurface, for example) will be displayed. Selecting "Cut Over" means
  177.   that the entire back faces of the selected block will be displayed,
  178.   even if there is no object displayed in the data cube.
  179.  
  180.  
  181. - Isosurface Mode
  182.   This Slicer control panel displays a histogram of voxel data versus
  183.   population. Select the isosurface threshold either by adjusting the
  184.   slider or by clicking (with any mouse button) in the histogram window.
  185.   Two buttons allow you to choose whether the high or low side of the
  186.   isosurface is displayed. If the higher voxel values are inside the
  187.   isosurface, select the "Low Side" button, if the lower voxel values
  188.   are inside, select the "High Side" button. Click the "GO" button to
  189.   draw the isosurface.
  190.  
  191.   WARNING: this may take a long time, depending upon the size of
  192.   the volume and the speed of your computer.
  193.  
  194.  
  195. - Probe Mode
  196.   Click with any mouse button over the displayed data. The 3D location
  197.   and data value are displayed at the bottom of the Slicer control panel.
  198.  
  199.  
  200. - Colors Mode
  201.   This Slider control panel displays a pulldown menu and three sliders:
  202.  
  203.   - Color Tables menu
  204.     Click on the "Color Tables" button to display a menu of color
  205.     tables to apply. Click on a color table name to select that table.
  206.   - Contrast Minimum/Maximum sliders
  207.     Set these sliders to select the low and high data values that
  208.     are displayed at the extremes of the color table. Both values
  209.     are expressed as a percentage of the maximum voxel value. Increasing
  210.     the minimum value or decreasing the maximum value increases the
  211.     contrast.
  212.   - Differential Shading slider
  213.     Slices are differentially shaded to give and illusion of depth.
  214.     Set this slider to 100% to determine the shading exclusively by
  215.     the orientation of the slice. Set this slicer to 0% to determine
  216.     the shading exclusively by the data value.
  217.     
  218.  
  219. - Rotations Mode
  220.   This Slicer control panel allows you to change the orientation of the
  221.   viewing cube. Note that changing the orientation erases any previously
  222.   drawn slices or surfaces.
  223.  
  224.   - X Axis Rotation
  225.     Positive values rotate the top of the data cube toward the viewer.
  226.   - Z Axis Rotation
  227.     Positive values rotate the base of the cube counter-clockwise.
  228.   - Z Aspect Ratio
  229.     This ratio affects the height of the data cube in relation to the
  230.     size of the base. Values greater than 1 create a tall, narrow data
  231.     area, values less than one create a short, wide data area.
  232.  
  233.  
  234. - Journal Mode
  235.   This Slicer control panel allows you to record or play back files
  236.   containing Slicer commands.
  237.  
  238.   To record a series of Slicer operations, specify a file to contain
  239.   the recorded commands. (Note that if the specified file already
  240.   exists, it will be overwritten.) Click "Start Recording," then
  241.   perform any series of Slicer operations. When you have finished,
  242.   click the "Stop Recording" button to close the journal file.
  243.  
  244.   To play back a file of recorded slicer commands, specify the file
  245.   name and click "Playback."
  246.  
  247.  
  248. TRANSPARENCY
  249.  
  250. The Transparency slider, located at the bottom of the Slicer control
  251. panel, sets a transparency threshold as a percentage of the maximum
  252. data value. If this slicer is set to either 0% or 100%, transparency
  253. is inactive. Voxel values less than the threshold value are not displayed
  254. if transparency is turned on.
  255.  
  256. This slider has no effect when drawing isosurfaces.
  257.